Originalmente chamada de Nossa Senhora do Terço, a Igreja da Ordem Terceira de São Francisco das Chagas foi construída em 1737 e, até agora, passou por três processos de restauração, que infelizmente destituíram a construção de seus traços arquitetônicos originais. A primeira obra foi realizada em 1834, quando um vigamento da igreja desabou; a segunda foi em 1880, com a visita de D. Pedro II, e a mais recente em 1980.

Um convento dirigido por franciscanos passou a integrar o espaço a partir de 1752, entretanto só funcionou até 1783. Os colonos poloneses usaram o local como paróquia, e os alemães o fizeram de sede para assuntos espirituais, assim que uma torre foi construída e que sinos foram doados por senhores da erva-mate. A igreja foi tombada como patrimônio histórico em 1965, e O Museu de Arte Sacra foi construído como anexo em 1981.