Nos EUA da década de 60, a freira Aloysius (Meryl Streep) cuida do colégio Sant Nicolas com bastante rigor. Oposto a ela está o Padre Flynn (Philip Seymour Hoffman), que deseja ser mais liberal com os alunos e os métodos da instituição ligada à igreja. Uma das grandes preocupações de ambos é o aluno Donald Miller, recém-chegado ao local. Apenas um ano após o assassinato de Kennedy, ele é o primeiro negro a ser aceito naquela escola e tanto o padre como a freira temem pelas reações dos colegas.

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Certo dia, o aluno aparece na aula da Irmã James (Amy Adams) com uma aparência estranha e cheiro de álcool, logo após ter sido chamado à sala de Flynn. Quando fica sabendo do fato, Aloysius acusa o padre de ter um comportamento inadequado com o garoto. Mesmo sem admitir culpa, Flynn se nega a dar detalhes do que realmente aconteceu, dizendo apenas que só está tentando preservar Donald. Como ele não quer dar sua versão do fato e a freira não tem nenhuma prova do que aconteceu, a única coisa que fica é a Dúvida.

O filme é baseado na peça de teatro homônima de John Patrick Shanley, que também decidiu dirigir a versão nas telas. O filme recebeu cinco indicações ao Oscar sendo que duas delas foram na categoria de melhor atriz coadjuvante, para Amy Adams e Viola Davis, que faz o papel da mãe de Donald. Além delas, foram indicados Meryl Streep, como melhor atriz, Philip Seymour Hoffman, melhor ator coadjuvante, além de Shanley, por melhor roteiro adaptado.