A história inédita acompanha os esforços heroicos da agência cripto-zoológica Monarch à medida que seus membros enfrentam uma sequência de monstros gigantescos, incluindo o poderoso Godzilla, que luta contra Mothra, Rodan e seu arqui-inimigo de três cabeças, King Ghidorah. Quando estas criaturas milenares – que se acreditava serem mitos – ressurgem, elas lutam pela supremacia, colocando em risco a existência da humanidade.