Uma década depois dos eventos de "Planeta dos Macacos: A Origem", "O Confronto" mostra um mundo onde os humanos foram quase dizimados pelo vírus lançado naquela época. Os sobreviventes mantêm uma paz temporária com os macacos, liderados por Caesar, mas isso está prestes a mudar e dar lugar a uma guerra entre as raças pelo domínio da Terra.