Na década de 1840, o jovem James passa por um grande trauma. Na mesma noite em que seu pai é assassinado, ele descobre que não era filho legítimo, e que seu pai verdadeiro é o assassino. As notícias causam fúria no garoto, que vê crescer misteriosas garras em suas mãos. Percebendo que é um mutante, ele foge de casa com seu irmão Victor, que escondia da família também ter estranhos poderes.

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Os irmãos crescem juntos e passam a proteger um ao outro e a todos que podem. Assim, eles decidem se alistar em todas as guerras possíveis, usando seus poderes para ajudar o lado que julgam correto. Este período, no entanto, faz com que Victor tome atitudes cada vez mais animalescas, o que causa grandes embates entre os irmãos. Em um deles, na Guerra do Vietnã, os dois são descobertos pelo poderoso William Stryker, e são convocados para seu misterioso exército.

Sem concordar com os ideais de Stryker, James abandona o grupo e decide viver longe, onde sua condição de mutante não lhe cause qualquer problema. Porém, seu passado no grupo volta a atormentar sua vida com sua amada Kayla. Quando ela é assassinada, ele decide aceitar a proposta de seu antigo chefe para servir como cobaia do Arma X, um projeto multimilionário que o tornaria indestrutível. Assim, pouco a pouco o mutante deixa de ser James para se tornar Wolverine.

X-Men Origins: Wolverine conta a história da vida de um dos personagens mais misteriosos da história em quadrinhos. O longa conta como Logan perdeu a memória e seu primeiro contato com alguns mutantes, como Gambit, Ciclope e seu arquiinimigo, Dente de Sabres. Apesar de Zack Snyder e Bryan Singer terem sido convidados para dirigir o filme, quem cumpriu a missão foi o sul-africano Gavin Hood, vencedor do Oscar de melhor filme estrangeiro por Infância Roubada. Além do filme-solo de Wolverine, a Marvel e a Fox estão preparando o de Magneto e se cogita a hipótese de fazerem um de Deadpool, um dos vilões deste filme.